NeoBundleの重複チェックについて

えーと、この機能によって色々問題が起こっているようで、
原因になった身としてはフォローしとかないといけないかなと思います。

まずやること

vimrcが読まれる際に必ず neobundle#rc() を呼んでください。
これは README に書いてある通りにすれば概ね問題ないと思います。
NeoBundleを別ファイルに分けている人は、分けたファイルの先頭で呼ぶのがいいんじゃないでしょうか。

また、アンドキュメントではありますが、*1再読み込みする度に on_source() を呼んで欲しい人は

if !has('vim_starting')
  call neobundle#call_hook('on_source')
endif

みたいなのを最後に書けばいいと思います。

それでも警告が出る

この場合2+1パターンあります。

1. neobundle.vim を NeoBundleFetch している場合
大きな問題はないので修正されるまで放置してください。
どうしてもという人はちゃんと修正されるまで一時的にここのパッチを当てればいいと思います。*2

2.その他
NeoBundle(Lazy|Fetch)コマンドを同じバンドルに2回以上やっている可能性があるので設定を見直しましょう。

3.見直したけど neobundle.vim 以外のバンドルでまだ警告が出る
再現する最小限の構成と一緒に不具合報告すればいいと思います。

*1:helpのneobundle-examplesに書いてありました

*2:修正されました